>ここで質問なのですが、一般ユーザにroot権限を要するスクリプト
>の実行させる事はセキュリティ的に問題が無いのか？という事です。

フォローがないようなので。。。
答えを先に言うと、細心の注意を払ってですら問題は起こり得ます。

CGIを利用する際、なぜ多くの場合nobodyなどの「ログインすらできず他のど
のユーザとも同じグループに属していない」ユーザ権限でスクリプトを実行さ
せるかを考えてみるとよいでしょう。

nobody権限ですら、書きようによってはセキュリティ・ホールになりうるCGI
上で、root権限でスクリプトを実行させるのはかなりの覚悟を必要とします。

非常に個人的な意見として聞いて欲しいのですが、セキュリティ的にどういう
問題があってどういう問題がないのか分からない状況ではroot権限で走らせる
CGIスクリプトの導入は見送った方が良いと私は思います。

perlに限って言えば、setuidされた(あるいはperl5 -Tで起動された)スクリプ
トに対しての汚染チェック機能が付いていますが、これは補助的な役割を果た
すものでセキュリティの強度はプログラマに依存しますし、Perl自体に潜在的
なセキュリティ・ホールを持っているバージョンも知られています。以下参照。

http://www.cert.org/advisories/CA-96.12.suidperl_vul.html
http://www.cert.org/advisories/CA-97.17.sperl.html

Cはどうかと言うと、一般にはCの方がPerlよりもMemory Over Runなどのバグ
混入の可能性が高くセキュリティ・ホールを生みやすいと言われています。

以下も参考までに。Webサーバーを作ってる人たちですら、セキュリティ・ホー
ルを作ってしまう事があるのです。しかもサンプル程度のプログラムで。

http://www.cert.org/advisories/CA-96.06.cgi_example_code.html
http://www.cert.org/advisories/CA-97.07.nph-test-cgi_script.html
http://www.cert.org/advisories/CA-97.25.CGI_metachar.html

以下はWWWセキュリティFAQより。

<ftp://ftp.dti.ad.jp/pub/lang/CPAN/doc/FAQs/cgi/wwwsf2.html#Q11>
> This is a whopping security hole because every CGI script that gets 
> launched with root permissions will have access to every nook and 
> cranny in your system. 
(以下簡単な訳)
これ(CGIスクリプトをroot権限で走らせること)は、すべてのroot権限を持っ
たCGIスクリプトが、システムの隅の隅っこまでアクセスできるということで
あり、とてつもないセキュリティホールです。